文化大革命で父を惨殺され、人類に絶望した科学者・葉文潔（イエ・ウェンジエ）。彼女がスカウトされた軍事基地では、人類の運命を左右するプロジェクトが進行していた。数十年後、科学者の連続自殺事件を追って謎の学術団体に潜入したナノテク素材の研究者・汪淼（ワン・ミャオ）を、怪現象〈ゴースト・カウントダウン〉が襲う！そして、汪淼が入り込むＶＲゲーム『三体』の驚くべき真実とは？