神世紀298年、神樹館に通う小学6年生の鷲尾須美は、友人の乃木園子、三ノ輪銀と和やかな日々を過ごしていた。 しかしある日、突然三人は時が止まった世界に放り込まれる。 異様な状況に、勇者としての使命を果たす時が来たと直感した三人は、勇者へと変身し、異形の怪物、バーテックスと戦う。