ブルーノは軍人である父親の仕事の都合でベルリンから遠く見知らぬ土地へ引っ越してきたが、遊び相手もおらず、退屈な日々を過ごしていた。そんな状況に限界を感じ始めたブルーノだったが、家から少し離れた場所に農場のような施設を発見する。大人の目を盗んでその施設へ行くと、そこには縞模様のパジャマを着た少年、シュムエルが地面に座っていた。シュムエルはユダヤ人であり、ドイツ軍によって迫害を受けていた。つまらない生活に退屈を感じていたブルーノと強制収容所で寂しい思いをしていたシュムエルに友情が芽生える。