ジャックが13年前に自らの魂と引き換えに、深海の悪霊デイヴィ・ジョーンズと交わした〈血の契約〉の期間が終わりに近づいていた。デイヴィ・ジョーンズの幽霊船で永遠の労役に服すという地獄から逃れるため、ジャックは〈死者の宝箱（デッドマンズ・チェスト）〉を追いはじめる。また結婚式の直前に、ジャックの逃亡を助けた罪で捕えられたウィルとエリザベスも、抗うことのできない運命に操られこの冒険に巻き込まれていく。その時、カリブの海に封印された恐るべき秘密が甦ろうとしていた―。